La interfaz gráfica sólo provee un espacio en la pantalla. Ejecutar únicamente el servidor X sólo llevará a una pantalla vacía, razón por la que la mayoría de las instalaciones utilizan un Display Manager para mostrar la pantalla de autenticación de usuarios e iniciar el escritorio gráfico una vez que se autenticó el usuario. Los tres gestores de pantalla más populares utilizados actualmente son gdm3 (GNOME Display Manager), sddm (sugerido para KDE Plasma) y lightdm (Light Display Manager). Existen más alternativas y se pueden encontrar buscando el paquete virtual x-display-manager.

Dado que los administradores de Falcot Corp han optado por utilizar el entorno de escritorio GNOME, lógicamente también eligieron gdm3 como gestor de pantalla. El fichero de configuración /etc/gdm3/daemon.conf tiene muchas opciones (la lista se puede encontrar en el fichero de esquema /usr/share/gdm/gdm.schemas para controlar su comportamiento mientras que /etc/gdm3/greeter.dconf-defaults contiene ajustes para la "sesión" de greeter (más que una ventana de inicio de sesión, es un escritorio limitado con herramientas relacionadas con la gestión de energía y la accesibilidad). Tener en cuenta que algunos de los ajustes más útiles para los usuarios finales se pueden hacer en el centro de control de GNOME.

Debido a que cada escritorio gráfico provee su propio gestor de ventanas, la elección del gestor de ventanas que elija está normalmente influenciada por el escritorio que haya elegido. GNOME utiliza el gestor de ventanas mutter, Plasma utiliza kwin y Xfce (que presentaremos más adelante) utiliza xfwm. La filosofía Unix siempre permitió utilizar el gestor de ventanas que uno prefiera, pero utilizar los recomendados permite que un administrador aproveche mejor los esfuerzos de integración que realiza cada proyecto.

Sin embargo, los ordenadores más antiguos pueden tener dificultades para ejecutar entornos gráficos de escritorio pesados. En estos casos, debería utilizarse una alternativa más ligera (buscar el paquete virtual x-window-manager). Los gestores de ventanas "ligeros" (o que ocupan poco espacio) incluyen WindowMaker (en el paquete wmaker), afterstep, icewm, blackbox, fluxbox, o openbox. En estos casos, el sistema debe configurarse para que el gestor de ventanas apropiado tenga preferencia; la forma estándar es cambiar la alternativa x-window-manager con el comando update-alternatives --config x-window-manager.

Los entornos de escritorio modernos y muchos gestores de ventanas proveen menús que enumeran las aplicaciones disponibles al usuario. Para poder mantenerlos actualizados en relación al conjunto real de aplicaciones disponibles, normalmente cada paquete proporciona un fichero .desktop en /usr/share/applications. El formato de los cuales ha sido estandarizado por FreeDesktop.org:

Los menús de las aplicaciones pueden ser personalizados por los administradores mediante fichero de configuración del sistema, tal y como se explica en la "Especificación de Menú de Escritorio". Los usuarios finales también pueden personalizar los menús con herramientas gráficas, tales como kmenuedit (en Plasma), alacarte (en GNOME) o menulibre.