The graphical interface only provides display space. Running the X server by itself only leads to an empty screen, which is why most installations use a display manager to display a user authentication screen and start the graphical desktop once the user has authenticated. The three most popular display managers in current use are gdm3 (GNOME Display Manager), sddm ( Simple Desktop Display Manager, suggested for KDE Plasma) and lightdm (Light Display Manager). More alternatives exist and can be found by searching for the x-display-manager virtual package.

Poiché gli amministratori della Falcon Corp hanno optato per usare l'ambiente desktop GNOME, logicamente hanno scelto anche gdm3 come display manager. Il file di configurazione /etc/gdm3/daemon.conf ha molte opzioni (l'elenco si trova nel file /usr/share/gdm/gdm.schemas) per controllare il suo comportamento mentre /etc/gdm3/greeter.dconf-defaults contiene le impostazioni per la "sessione" di benvenuto (più che una semplice finestra di login, è un desktop limitato con gestione dell'alimentazione e gli strumenti di accessibilità correlati). Si noti che alcune delle impostaziioni più utili per gli utenti finali possono essere modificate attraverso il pannello di controllo di GNOME.

Dal momento che ogni desktop grafico fornisce il proprio window manager, il gestore di finestre scelto è solitamente influenzato dal desktop selezionato. GNOME usa il window manager mutter, Plasma usa kwin e XFce (che sarà presentato in seguito) ha xfwm. La filosofia Unix permette sempre di usare il proprio window manager preferito, ma seguire le raccomandazioni permette a un amministratore di sfruttare al meglio gli sforzi di integrazione guidati da ciascun progetto.

Tuttavia, i computer più datati, potrebbero avere difficoltà ad eseguire ambienti desktop grafici pesanti. In questi casi, si dovrebbe usare un'alternativa più leggera (cercate il pacchetto virtuale x-window-manager). Tra i gestori di finestre "leggeri" (o con un minor impatto) ci sono WindowMaker (nel pacchetto wmaker), afterstep, icewm, blackbox, fluxbox e openbox. In questi casi, il sistema deve essere configurato in modo che il gestore di finestre appropriato abbia la precedenza; il modo standard è cambiare l'alternativa x-window-manager con il comando update-alternatives --config x-window-manager.

I moderni ambienti desktop e molti window manager forniscono dei menu che elencano le applicazioni disponibili all'utente. Per poter mantenere i menu aggiornati con l'effettivo insieme di applicazioni disponibili, ogni pacchetto fornisce, di solito, un file .desktop in /usr/share/applications. Il formato di questi file è stato standardizzato da FreeDesktop.org:

I menu delle applicazioni possono essere ulteriormente personalizzati da parte degli amministratori attraverso i file di configurazione a livello di sistema come descritto dal “Desktop Menu Specification”. Anche gli utenti finali possono personalizzare i menu con strumenti grafici come kmenuedit (in Plasma), alacarte (in GNOME) o menulibre.