Ett Debian-system organiseras enligt Filesystem Hierarchy Standard (FHS, Standarden för filsystemshierarki). Denna standard definierar syftet med varje katalog. Toppnivåkatalogerna beskrivs till exempel enligt följande:
/bin/: grundläggande program;
/boot/: Linux-kärna och andra filer som krävs för dess tidiga uppstart;
/dev/: enhetsfiler;
/etc/: konfigurationsfiler;
/home/: användares personliga filer;
/lib/: grundläggande bibliotek;
/media/*: monteringspunkter för flyttbara enheter (CD-ROM, USB-nycklar och så vidare);
/mnt/: temporär monteringspunkt;
/opt/: extra program som tillhandahålls av tredjepart;
/root/: administratörens (roots) personliga filer;
/run/: flyktig körtidsdata som inte består mellan omstarter;
/sbin/: systemprogram;
/srv/: data som används av servrar som är värdar på detta system;
/tmp/: temporära filer; denna katalog töms ofta vid uppstart;
/usr/: program; denna katalog är vidare uppdelad i bin, sbin, lib (enligt samma logik som i rotkatalogen). Vidare innehåller /usr/share/ arkitekturoberoende data. /usr/local/ är avsedd att användas av administratören för att installera program manuellt utan att skriva över filer som hanteras av paketsystemet (dpkg).
/var/: variabel data som hanteras av demoner. Detta inkluderar loggfiler, köer, köfiler, cachar och så vidare.
Observera att många moderna distributioner, inklusive Debian, skeppar /bin/, /sbin/ och /lib/ som symlänkar till dom motsvarande katalogerna under /usr/ så att alla program och bibliotek finns tillgängliga i ett enda träd. Detta gör det enklare att skydda systemfilernas integritet och att dela systemfilerna mellan flera containers etc.
B.2.2. Användarens hemkatalog
Innehållet i en användares hemkatalog är inte standardiserat, men det finns trots detta ett antal noterbara konventioner. En är att en användares hemkatalog ofta refereras till genom tilde (”~”). Detta är användbart att känna till eftersom kommandotolkar automatiskt ersätter ett tilde med den korrekta katalogen (vanligen /home/användare/).
Traditionellt lagras konfigurationsfiler för program direkt under användarens hemkatalog, men deras namn inleds vanligtvis med en punkt (t.ex. så lagrar e-postklienten mutt sin konfiguration i ~/.muttrc). Notera att filnamn som börjar med punkt göms som standard; och ls listar endast dem när flaggan -a används, och grafiska filhanterare måste ombes att visa gömda filer.
Some programs also use multiple configuration files organized in one directory (for instance, ~/.ssh/). Some applications also use their directory to store a cache of downloaded data. This means that those directories can end up using a lot of disk space.
These configuration files stored directly in a user's home directory, often collectively referred to as dotfiles, have long proliferated to the point that these directories can be quite cluttered with them. Fortunately, an effort led collectively under the FreeDesktop.org umbrella has resulted in the “XDG Base Directory Specification”, a convention that aims at cleaning up these files and directories. This specification states that configuration files should be stored under ~/.config/, cache files under ~/.cache/, and application data files under ~/.local/ (or subdirectories thereof). This convention has been gaining traction, and many applications (especially graphical ones) are following it.
Grafiska skrivbord visar vanligtvis innehåller i katalogen ~/Skrivbord/ (eller vad nu den lämpliga översättningen är för system som inte konfigurerats på svenska) på skrivbordet (dvs. det som är synligt på skärmen när alla program är stängda eller ikoniserade).
Avslutningsvis så lagrar e-postsystem inkommande e-postmeddelanden i en katalog ~/Mail/.
