Et Debian-system er organisert i tråd med Filesystem Hierarchy Standard (FHS). Denne standarden definerer formålet med hver mappe. For eksempel er toppnivå-mapper beskrevet som følger:
/bin/: grunnleggende program;
/boot/: Linux-kjernen og andre filer som kreves til den tidlige oppstartsprosessen;
/dev/: enhetsfiler;
/etc/: Oppsettsfiler;
/home/: brukerens personlige filer;
/lib/: grunnleggende bibliotek;
/media/*: monteringspunkter for flyttbare enheter (CD-ROM, USB-minnepinner, og så videre);
/mnt/: midlertidig monteringspunkt;
/opt/: ekstra programmer levert av tredjeparter;
/root/: administrator (root) sine personlige filer;
/run/: flyktige kjøretidsdata som ikke overlever omstart;
/sbin/: systemprogram;
/srv/: data brukt av tjenere som kjører på dette systemet;
/tmp/: midlertidige filer; denne mappen tømmes ofte ved oppstart;
/usr/: programmer; denne katalogen er videre inndelt i bin, sbin, lib (følger samme logikk som i rotmappen). Videre inneholder /usr/share/ arkitekturuavhengige data. /usr/local/ er ment til å brukes av administrator for å installere programmer manuelt uten å overskrive filer som håndteres av pakkesystemet (dpkg).
/var/: data som endrer seg og håndteres av bakgrunnsprosesser. Dette inkluderer loggfiler, køer, utskriftskøer, hurtiglagre og så videre.
Merk at mange moderne distribusjoner, inkludert Debian, lar /bin, /sbin og /lib være symbolske lenker til de tilsvarende katalogene under /usr slik at alle programmer og biblioteker er tilgjengelig i et enhetlig tre. Det gjør det enklere å beskytte integriteten til systemfilene, og å dele disse systemfilene mellom ulike kontainere, og så videre.
B.2.2. Brukerens hjemmeområde
Innholdet i en brukers hjemmeområde er ikke standardisert, men det er fortsatt noen få nevneverdige konvensjoner. Den ene er at en brukers hjemmemappe ofte er referert til med en krøllstrek («~»). Det er nyttig å vite fordi kommandokonsollen automatisk erstatter en krøllstrek med riktig katalog (vanligvis /home/bruker/).
Tradisjonelt er programoppsettsfiler ofte lagret direkte i brukerens hjemmeområde, men filnavnene deres starter vanligvis med et punktum (for eksempel lagrer e-postklient mutt oppsettet i ~/.muttrc). Merk at filnavn som starter med et punktum it utgangspunktet er skjult; og ls viser dem bare når -a-argumentet blir brukt, og grafiske fil-håndterere må gis beskjed om å vise skjulte filer.
Noen programmer bruker også flere oppsettsfiler organisert i en mappe (for eksempel, ~/.ssh/). Noen programmer bruker også sin mappe som et mellomlager med nedlastede data. Dette betyr at disse mappene kan ende med å bruke mye diskplass.
These configuration files stored directly in a user's home directory, often collectively referred to as dotfiles, have long proliferated to the point that these directories can be quite cluttered with them. Fortunately, an effort led collectively under the FreeDesktop.org umbrella has resulted in the “XDG Base Directory Specification”, a convention that aims at cleaning up these files and directories. This specification states that configuration files should be stored under ~/.config/, cache files under ~/.cache/, and application data files under ~/.local/ (or subdirectories thereof). This convention has been gaining traction, and many applications (especially graphical ones) are following it.
Grafiske skrivebord viser vanligvis innholdet i ~/Desktop/-katalogen på skrivebordet (eller hva den riktige oversettelsen er for systemer som ikke er satt opp på engelsk, det vil si det som er synlig på skjermen når alle programmer er lukket eller vises som ikoner).
Til slutt, e-postsystemet lagrer noen ganger innkommende e-poster til en ~/Mail/-mappe.
