De installerte pakker svarer til de profiler som er valgt under installeringen, men ikke nødvendigvis til den bruk som maskinen faktisk er tiltenkt. I slike tilfeller kan det være lurt å bruke et pakkestyringsverktøy for å avgrense utvalget av installerte pakker. De to mest brukte verktøyene (som er installert hvis «Debian desktop environment»-profilen ble valgt) er apt (tilgjengelig fra kommandolinjen), og synaptic («Synaptic Package Manager» i menyene).

For å gjøre det mulig å installere en gruppe programmer som henger sammen lager Debian «oppgaver» som er satt av til bestemte formål (e-posttjener, filtjener og så videre). Du har allerede hatt muligheten til å velge dem under installasjonen, og du kan finne dem igjen ved hjelp av pakkestyringsverktøy som aptitude (oppgavene er listet i en egen seksjon), og synaptic (via menyen Rediger → Merk pakker ved hjelp av oppgave ...)).

Aptitude er et tekstbasert fullskjermgrensesnitt til APT. Det lar brukeren bla gjennom listen over tilgjengelige pakker etter ulike kategorier (installerte eller ikke installerte pakker, etter oppgave, etter seksjon og så videre), og lar en se all tilgjengelig informasjon om hver av dem (avhengigheter, konflikter, beskrivelse og så videre). Hver pakke kan merkes «installer» (som skal installeres, +-tasten) eller «fjern» (som skal fjernes, -- tasten). Alle disse operasjonene vil bli utført samtidig når du har bekreftet dem ved å trykke på g-tasten («g» for «gå i gang!»). Det er ingen grunn til bekymring hvis du har glemt noen programmer. Du kan kjøre aptitude på nytt så snart den første installasjonen er ferdig.

Selvfølgelig er det mulig å ikke installere en hvilken som helst oppgave. I dette tilfellet kan du manuelt installere ønsket programvare med kommandoen apt, eller aptitude (som begge er tilgjengelig fra kommandolinjen). Pakkene kan spores opp ved hjelp av kommandoen apt-cache search task nøkkelord.

En første apt upgrade (en kommando brukes til å automatisk oppdatere installerte programmer) er vanligvis nødvendig, spesielt for mulige sikkerhetsoppdateringer utstedt etter utgivelsen av den nyeste Debian stabile versjonen. Disse oppdateringene kan innebære noen flere spørsmål via debconf, Debians standard oppsettsverktøy. For videre informasjon om disse oppdateringen utført av apt, besøk gjerne Seksjon 6.2.3, «Oppgradering av systemet».