Suatu sistem Debian yang diorganisasikan mengikuti Filesystem Hierarchy Standard (FHS). Standar ini mendefinisikan tujuan masing-masing direktori. Sebagai contoh, direktori tingkat paling atas diuraikan sebagai berikut:
/bin/: program-program dasar;
/boot: Kernel Linux dan berkas-berkas lain yang diperlukan untuk proses boot awal;
/dev: berkas peranti;
/etc: berkas konfigurasi;
/home: berkas pribadi pengguna;
/lib: pustaka dasar;
/media/*: titik kait untuk peranti lepas pasang (CD-ROM, flash disk USB, dan sebagainya);
/mnt: titik kait temporer;
/opt: aplikasi ekstra yang disediakan oleh pihak ketiga;
/root: berkas pribadi administrator (root);
/run: data runtime volatile yang tidak bertahan antar reboot;
/sbin: program-program sistem;
/srv: data yang dipakai oleh server yang diwadahi oleh sistem ini;
/tmp: berkas temporer; direktori ini seringkali dikosongkan saat boot;
/usr/: aplikasi; direktori ini dibagi lagi menjadi bin, sbin, lib (menurut logika yang sama seperti dalam direktori root). Selain itu, /usr/share/ berisi data arsitektur-independen. /usr/local/ dimaksudkan untuk digunakan oleh administrator untuk menginstal aplikasi secara manual tanpa menimpa berkas-berkas yang ditangani oleh sistim pemaketan (dpkg).
/var/: data variabel yang ditangani oleh daemon. Ini termasuk berkas log, antrian, spool, cache, dan seterusnya.
Perhatikan bahwa banyak distro modern, termasuk Debian, mengirim /bin, /sbin, dan /lib sebagai symlink ke direktori yang sesuai di bawah /usr sehingga semua program dan pustaka tersedia dalam satu pohon tunggal. Ini membuat lebih mudah untuk melindungi integritas sistem berkas, dan untuk berbagi sistem berkas tersebut di antara beberapa container, dsb.
B.2.2. Direktori Home Milik Pengguna
Isi dari direktori home pengguna tidak distandarkan, tetapi masih ada beberapa konvensi yang patut dicatat. Salah satunya adalah bahwa direktori home pengguna sering disebut dengan sebuah tilde ("~"). Yang sangat berguna untuk diketahui karena interpreter perintah secara otomatis mengganti sebuah tilde dengan direktori yang benar (biasanya /home/pengguna/).
Secara tradisional, berkas konfigurasi aplikasi sering tersimpan langsung di bawah direktori home pengguna, namun nama mereka biasanya mulai dengan sebuah titik (misalnya, klien surel mutt menyimpan konfigurasinya di ~/.muttrc). Perhatikan bahwa nama berkas yang dimulai dengan sebuah titik tersembunyi secara default; dan ls hanya menampilkan daftar mereka ketika opsi -a digunakan, dan manajer berkas grafis harus diberitahu untuk menampilkan berkas yang tersembunyi.
Beberapa program juga memakai berkas-berkas konfigurasi yang diorganisasi dalam sebuah direktori (sebagai contoh, ~/.ssh/). Beberapa aplikasi juga memakai direktori mereka untuk menyimpan suatu singgahan dari data yang diunduh. Ini berarti bahwa direktori-direktori itu pada akhirnya memakai banyak ruang disk.
These configuration files stored directly in a user's home directory, often collectively referred to as dotfiles, have long proliferated to the point that these directories can be quite cluttered with them. Fortunately, an effort led collectively under the FreeDesktop.org umbrella has resulted in the “XDG Base Directory Specification”, a convention that aims at cleaning up these files and directories. This specification states that configuration files should be stored under ~/.config/, cache files under ~/.cache/, and application data files under ~/.local/ (or subdirectories thereof). This convention has been gaining traction, and many applications (especially graphical ones) are following it.
Desktop grafis biasanya menampilkan isi dari direktori ~/Desktop/ (atau apa pun terjemahan yang tepat untuk sistem yang tidak dikonfigurasi dalam bahasa Inggris) pada desktop (yaitu, apa terlihat pada layar setelah semua aplikasi tertutup atau diikonkan).
Akhirnya, sistem surel terkadang menyimpan surel yang masuk ke dalam direktori ~/Mail/.
